Mølla er ein direkte arvtakar etter ei gardskvern som Eirik Stedje kjøpte i 1893.  Han reiv den gamle kverna og bygde opp att ei moderne mølle.  I heile perioden var mølla eigd og driven av same familien, der son tok over far i tre generasjonar. 
 
Stedje mølle er ein bindingsverkbygning i  3 høgder. I første høgda var det mjøllager og uttak for kvernene og skalemaskina. I andre høgda ligg dei 3 kvernene og skalemaskina som vart nytta til skaling og reinsking av kornet. Tredje høgda var  kornlager. Gjennom dei tre høgdene i huset er det ein heis, som vart driven av same drivakslingen som dreiv møllene.
 
Ei bygdemølle var eit møllebruk som tok i mot korn for leigemaling. Bygdemøllene skulle dekkje trongen for leigemaling i eit eller fleire bygdelag og avløyste mange av dei mindre gardskvernene i distrikta. Etter krigen var Stedje mølle ei av to møller att i Sogn og hadde maling for  Luster, heile nordsida av Sognefjorden og Vik. Fram til krigen dreiv dei med kjøp og sal. Dei kjøpte inn korn frå Bergen, mol det og selde det ferdige mjølet til folk i bygda. Med alle dei tre kvernene i gang hadde mølla ein kapasitet på 1 ½ tonn i døgnet. Møllearbeidet var eit hardt arbeid med mange tunge løft og lange  arbeidsdagar og netter. Bøndene som leverte korn til mølla, tok ikkje alltid omsyn til at møllearbeidarane òg trong kvile.  Det hende ofte at bøndene sto i kø utanfor og venta på å kome til. I tillegg var mølla ein kald arbeidsplass med elvegufsen like under som forsterka kulden. Det var drift på mølla heile vinteren, og berre unntaksvis laut dei gje seg fordi det var for kaldt. 
 
Bygningen står i dag som eit kulturminne. Neset der mølla står, er regulert til «spesialområde – kulturminnevern». I 1980 vart mølla overteken av De Heibergske Samlinger/Sogn Folkemuseum. Dei skal verne og vedlikehalde mølla der ho står.